Siden 1910 har Køge Museum haft til huse i en fredet købmandsgård fra 1619. I museets have ligger et af Danmarks ældste bindingsværkshuse fra o. 1500, flyttet hertil fra Køge Torv i 1914.
Udstillingerne belyser byens og oplandets kulturhistorie fra stenalder til nyere tid.
Fra jægerstenalderen findes Strøby Egede graven med 8 skeletter - det største antal begravelser fundet i en grav fra en tid, hvor gravfund er sjældne.
En udstilling om de rige forhistoriske fund omkring Køge er under udarbejdelse.
Køge bys historie som middelalderkøbstad vises sammen med flere store skattefund med mange sølvmønter fra 1600-tallet.
På museet findes bondestuer, borgerstuer og køkkener til at belyse land- og bykulturen.
Køge Museum har en omfattende samling egnsdragter og brugstekstiler bl.a. broderede agehynder fra omkring 1800 og særdeles mange Hedebo tekstiler med den karakteristiske symåde. Disse kan studeres i museets studiesamling.
I Vallø Slots Hestestald vises historien om Vallø Slot og Slotsparken, samt stiftets landbrug og skovbrug. Foruden et smedeværksted, som lejlighedsvis er i aktivitet, findes også en arkæologisk udstilling, der viser Vallø egnens rige forhistorie.
Der findes skolestuer til brug for undervisning og ophold både på Køge Museum og i Hestestalden.